2007年3月18日上午，南京银行股份有限公司举行了简短而隆重的更名揭牌仪式。南京市委副书记、常务副市长陈家宝，江苏省政府金融工作办公室副主任查斌仪，中国人民银行南京分行副行长刘兴亚，中国银行业监督管理委员会江苏监管局副局长李鲁宁，南京市政府副秘书长储永宏，中国人民银行南京分行营业管理部副主任金明，中国证券监督管理委员会江苏监管局公司一处处长凌峰，以及南京银行股份有限公司林复董事长、章宁行长、陈胜利监事长等出席了揭牌仪式。
    南京银行股份有限公司的前身，是成立于1996年2月6日的南京城市合作银行股份有限公司；1998年4月28日，由中国人民银行南京市分行批准更名为南京市商业银行股份有限公司；2006年12月20日，由中国银行业监督管理委员会批准更名为南京银行股份有限公司。
    作为一家以化解地方金融危机为目的、在南京市原39家城市信用合作社及信用联社的基础上组建的银行，南京银行始终坚持“中小企业银行”、“市民银行”和“债券市场特色银行”的定位，十分重视业务创新和产品创新，并取得了较好的效果。经过十一年的努力，该行已发展成为市场定位明确、公司治理良好、运作机制灵活、经营业绩显著、资源整合有力、实力稳步提升的地方性股份制商业银行。2004年、2005年，中诚信国际信用评级有限责任公司连续两年对该行进行了信用评级并出具了相关报告，根据该报告，该行基本处于中国股份制商业银行中的中上等水平；2006年，该行首次进入《亚洲周刊》发布的2006年度亚洲银行300排行榜，并首次进入英国《银行家》杂志发布的2006年度全球1000家大银行排名名单。
    2001年11月，南京银行以当时外资对中资银行参股的最高比例――15%，接受了世界银行组织成员――国际金融公司的投资入股。通过双方积极和富有成效的合作，全面推动了该行公司治理和经营管理水平的提升，加快了该行与国际接轨的步伐。目前，国际金融公司是该行第四大股东。
    2005年10月，南京银行引入法国巴黎银行作为该行的战略投资人，并与其签署了战略联盟协议和业务合作协议，建立了战略合作关系。目前巴黎银行是该行第二大股东，占该行股本19.2%。双方涉及包括消费信贷、零售银行、财富管理、风险管理、信息技术以及组织架构与业务流程等方面的合作已逐步全面展开。随着与巴黎银行战略合作的不断推进，先进的国际银行管理经验将会更深层面地影响到该行，该行的经营管理能力、风险防范和控制水平、业务创新能力等各方面将得到进一步提升。
    2005年11月，南京银行发行了8亿元10年期固定利率的次级债券，成为国内首家公开招标发行次级债券的城市商业银行。
    十一年来，南京银行人不断用自己的顽强拼搏和无私奉献，回报全体股东、社会各界、广大市民的信任与厚爱，逐渐由一家城市合作银行成长为公司治理完善、具备较强核心竞争力的股份制商业银行，实现了从求生存到求发展的转变。截至2006年底，该行注册资本12.07亿元，总资产579.23亿元，2006年实现利润总额7.75亿元。
    审时度势，南京银行明确了“不求最好，但求更好”的自我发展要求。2007年2月10日，南京银行第一家异地分支机构――泰州分行正式开业，预示着该行开始了向区域性银行的转变。此次南京银行的更名，正是基于其自身发展的强烈需求。业内人士认为，异地分支机构的设立以及成功更名，将共同给南京银行打造新的发展平台，带来新的发展机遇。